안녕하세요?

용역사업 계약 및 사업이 완료되어 정산 시점에서 문제를 뒤늦게 발견하여 문의드립니다.

본 게시판의 "부가가치세 누락 후 공고, 낙찰후 계약체결된 경우"로 작성된 2017년 게시된 글과 유사합니다.

수의계약으로 진행된 계약 건이며, 업체로부터 과업수행계획서와 산출내역서를 전달받아 해당 비목으로 계약을 체결하였는데,

이때  용역 수행업체(계약업체)의 계산 실수로 부가가치세 금액을 잘못 산정하였습니다.

(전체 공급가액의 10%가 아닌 일부 사업비에만 부과)

향후 용역 수행과정에서 실수가 있음을 알게되어 용역 계약금액 지급 시 (세금계산서 발급 시) 10% 해당하는 금액을 부가가치세로 포함하여 지급하였는데

문제는 계약이 완료된 시점까지 비목 금액 변경사항에 대해 용역 변경계약을 체결하지 않았습니다.  

사업비 정산 시 부가가치세는 고정된 금액에 해당하므로, 다른 비목인 인건비를 줄여서 지급한 것으로 정산하려고 하는데 이 경우 문제가 되는지 궁금합니다.