도시철도나 국민주택 건설 등 조세특례제한법 제106조에 따른 면세사업을 제외한 대부분의 건설공사는 부가가치세(이하 ‘부가세’) 대상이다. 부가세는 최종소비자에게 전가되는 것이 예정된 간접소비이다(대법원 1992. 8. 14. 선고 91누12339 판결). 일반적인 건설용역 제공시의 공사대금은 직접공사비 뿐만 아니라 간접노무비, 기타경비, 각종 보험료 등의 간접공사비 및 일반관리비와 이윤을 포함하여 공급가액을 구성하고 그 공급가액이 부가세 과세표준이 된다. 공사기간 연장에 따른 간접공사비 청구도 설계변경이나 물가변동과 마찬가지로 계약에 따른 청구로서 공사대금의 일종이며 손해배상금이 아니다. 따라서 통상 연장기간 동안 지출한 실비(물론 공기연장과 관련성이 있고 필요하고도 상당한 비용으로 한정된다)에 부가세율 10%를 가산한 금액을 간접공사비로 산정하여야 한다. 실제로 대부분의 사건에서도 감정 단계에서 부가세를 포함하여 산정하며 판결금을 지급할 때 세금계산서를 발급하는 것이 실무이다. 이렇게 지급받은 부가세는 국세청에 납부하게 되므로 시공자의 손익에는 관계가 없다.

그런데 일부 감정과정에서는, 추가간접비 산정은 공사 설계내역서 작성이 아닌 제출된 영수증 등에 의하여 지출이 확인된 금액을 산정하기 위한 것이라면서 공사원가계산서에서 부가세를 일괄 적용받으므로 각 항목에서는 일률적으로 10%를 감액하여 공급가액을 산정하는 경우가 있다. 즉 지출비용에서 10% 감액하여 공급가액을 산정하고 여기에 부가세 10%를 합산하므로 지출비용은 모두 반영되었다는 논리로 보인다.

이와 관련하여, 간접노무비는 근로자와 고용관계에 의해 용역을 제공받고 지출하는 원가로서 용역의 공급으로 보지 아니하므로(부가세법 제12조 제3항) 부가세 과세대상이 아니다. 즉 공기연장기간 동안 지출한 간접노무비는 그 자체가 공급가액이다. 만약 지출한 간접노무비에서 10%를 공제한 금액을 공급가액으로 보게 되면, 실제 지출한 비용의 90%만을 지급받고 10%는 과세관청에 납부하게 되어 결과적으로 부가세의 부담이 최종 소비자(발주기관)이 아닌 공급자(시공자)에게 전가되는 부당한 결론에 이르게 된다. 이는 실비보상의 원칙에도 반한다.

이에 법원도 간접노무비, 건축물공과금, 환경부담금, 주민세, 상하수도요금, 공사이행보증수수료 등은 부가세 과세대상이 아니거나 면세에 해당하므로 그 경비는 모두 실제 지출한 비용이 공급가액에 해당한다고 판시한 후, 이를 모두 합산한 금액(공급가액)에 부가세율 10%를 가산한 금액을 간접공사비로 인정하였다(서울고등법원 2021. 5. 14. 선고 2019나2022898 판결). 임차료 등 지출증빙에서 부가세가 포함되어 있다면 공급가액 산정시 이를 제외하여야 함은 당연하다.

발주기관 및 계약상대자는 공기연장에 따른 추가간접비(실비)가 손해배상이 아니라 공사원사를 구성하는 공사대금이므로 지출증빙의 각 항목이 부가세 과세대상인지 여부를 파악한 후 실비 보상의 원칙에 부합하게 계약금액 조정에 이를 수 있도록 유념할 필요가 있다.

이은재 전문위원 (법무법인 율촌) <대한경제>